Lungeemboli behandles med blodfortynnende medikamenter for å hindre ytterligere progresjon av proppen, og for å legge til rette for gradvis oppløsning av proppen. I enkelte tilfeller hvor lungeembolien er stor og pasienten er påvirket, kan behandlingen innledes med trombolytisk behandling (medikamenter som aktivt løser opp proppen).
Behandlingen med blodfortynnende medikamenter gis fra 3 måneder til ubestemt tid avhengig av årsaken og utbredelsen.