Tilfeldig påviste mikroadenomer skal vanligvis ikke behandles, men følges opp med ny MR undersøkelse etter 6 til 12 måneder. Hypofysemakroadenomer som påvirker synet behandles med operasjon. Det vanlige er å operere gjennom nesen (transsfenoidal kirurgi), men det kan også opereres gjennom hodet (kraniotomi). Enkelte svulster må behandles med strålebehandling fordi de ikke kan fjernes kirurgisk.
Prolaktinproduserende hypofyseadenomer behandles nesten alltid med medisiner som kan normalisere prolaktinproduksjonen og skrumpe svulsten. Ved akromegali er det vanlig å behandle med medisiner (somatostatinanalog) før operasjon. Ved Cushings sykdom forsøker man alltid å fjerne hypofyseadenomet kirurgisk.