Forsker og prosjektleder Bård Ove Karlsen, Mikrobiologisk avdeling, Diagnostisk klinikk ved Nordlandssykehuset.
Bård Ove Karlsen ved Diagnostisk klinikk leder forskningsprosjektet «Betydningen av komplementsystemet for bakterie-indusert regulering av leukocytt- og blodplate-RNA».
Genom og RNA
- Menneske-genomet består av 3 milliarder nukleotider hvorav cirka 11 prosent er såkalte Alu-elementer, forteller Bård Ove Karlsen.
- Alu-elementer er små DNA-sekvenser på 300 nukleotider, så rundt regnet er det 1 million Alu-elementkopier i et menneske-genom.
Tidligere var Alu-elementene sett på som repeterte sekvenser uten funksjon, såkalt “junk DNA”. Dette begrepet har blitt hengende ved Alu-elementene, selv om det nå viser seg at disse har viktige regulatoriske roller i evolusjon, diversitet og ikke minst på DNA og RNA nivå i hver enkelt celle.
- Forskningen vår viser imidlertid at Alu-elementene uttrykkes som RNA og kan regulere andre gener, forteller Karlsen.
Kunnskap med viktige bruksområder
Med ny teknologi som neste generasjons sekvensering og stor-skala bioinformatiske verktøy, kan man presist studere nivået av Alu-elementer som kan påvirke hvordan cellene reagerer på stress, som ved blodforgiftning, eller sepsis.
- I denne studien lagde vi et genomkart som viser hvordan Alu-elementene er satt inn i cirka fire tusen immungener. Vi undersøkte RNA-uttrykket i blod fra sepsis-pasienter og friske kontroller og fant uttrykk av en rekke Alu-elementer som ser ut til å ha en regulatorisk rolle ved sepsis, forteller Bård Ove Karlsen.
- Kort sagt; Alu-RNA-et er ikke å anse som «junk», forteller en begeistret prosjektleder.
Spennende bruksområder
Det viktige spørsmålet er imidlertid hvordan denne kunnskapen kan overføres til praktisk kunnskap som på sikt kan komme pasientbehandlingen til gode.
- Denne kunnskapen setter oss i stand til å forstå hvilken betydning Alu-elementer har immunologisk overfor immungener, forteller Karlsen.
- Ved hjelp av bioinformatiske metoder kan vi nå forstå hvordan Alu-elementer er linket til og fungerer immunologisk overfor våre gener. Denne metoden kan blant annet brukes i kreftforskning og vil være et av redskapene våre i fremtidig arbeid med persontilpasset medisin.
Forskning på blodforgiftning ved Nordlandssykehuset
Prosjektet gjennomføres i samarbeid med forskningslaboratoriet ved Nordlandssykehuset. Enhetsleder Åse Emblem er stolt over at sykehuset kan gjennomføre forskning av denne typen.
- Dette er et avansert og interessant prosjekt, sier Emblem. Det er en fjær i hatten for vårt forskningsmiljø at man være med å endre forståelsen av RNA- og proteinlandskapet i blod og blodceller ved blodforgiftning, samt utvide forståelsen av diagnostiske og prognostiske markører ved mistanke om sepsis.
- Prosjektet bygger videre på fullblodsmodellen og komplementsystemet. Førstnevnte er utviklet her ved Nordlandssykehuset, og sistnevnte er noe våre forskere er i front på nasjonalt og internasjonalt, så nye vinklinger og sammenhenger her er veldig spennende, avslutter Emblem.